Le 7 Novembre 2000, Tenacious D a terminé l'écriture d'un premier script de film qui a par la suite évolué sur l'histoire de deux personnages cherchant un médiator sacré.
En Octobre 2003 Jack Black a annoncé que le scénario de The Pick of Destiny - un portrait fictif de la formation du groupe - avait été achevé. Le film devait initialement être écrit et développé par Working Title Films, mais Jack Black et Kyle Gass ont décidé d'assurer le contrôle créatif après qu'ils n'aient pas été satisfaits des idées proposées par les scénaristes. Le tournage devait avoir lieu fin 2003, toutefois, il a été retardé de près d'un an en raison de l'engagement de Jack Black dans le remake de King Kong de Peter Jackson. Le groupe a commencé à enregistrer des chansons pour la bande originale du film, qui deviendra leur deuxième album studio également appelé The Pick of Destiny. L'album a été enregistré avec John Konesky et John Spiker du groupe Trainwreck respectivement à la guitare électrique et à la basse. Dave Grohl a de nouveau assuré la batterie et a en outre prêté sa voix à Beelzeboss (The Final Showdown) et assuré le rôle de Satan dans le film.
L'avant-première a eu lieu au Grauman's Chinese Theatre à Los Angeles le 9 Novembre, 2006. Bon nombre des acteurs qui faisaient une apparition dans le film étaient présents notamment Ronnie James Dio, Dave Grohl et Ben Stiller. Le film est sorti dans le monde entier le 22 Novembre alors que la bande originale était sortie un peu plus d'une semaine auparavant, le 14 Novembre. Les critiques ne sont pas tendres. Kevin Crust du Los Angeles Times a dit que le film "pourrait mieux être apprécié dans un état de conscience accrue à base de plantes... et nous ne parlons pas de ginkgo biloba." Stephen Rae de The Philadelphia Inquirer dit que l'usage fréquent de drogues dans le film donne "un sens nouveau à l'expression "humour potache"". Michael Phillips a justement critiqué cet usage fréquent de drogue en disant: "C'est peut-être le problème : les joints n'ont jamais aidé l'humour a avoir un bon timing". Stephen Holden du New York Times a suggéré que le film pourrait être considéré comme une "joyeuse comédie rock'n'roll", mais il a également décrit la progression du film comme étant un "gâchis criard". En tout, Tenacious D in the Pick of Destiny a récolté $ 8,334,575 aux États-Unis et au Canada, et un total de $ 13,426,450 dans le monde entier, bien en deçà de ses 20 millions de dollars de budget de production aux États-Unis et des 40 millions de dollars en coûts de marketing estimés. Financièrement, il est considéré comme un flop. Dans une interview sur le Daily Show le 30 Novembre 2006, Jack Black a admit que le film s'était planté, mais que les ventes de DVD ont montré que le film avait aquis un statut de film culte auprès du public.
Malgré l'échec du film et des critiques moins favorables que pour le premier album, la bande son a tout de même atteint la 8ème place au classement Billboard 200 aux États-Unis ainsi que la tête du classement iTunes, et la 10ème position au Royaume-Uni. Rolling Stone Magazine dit que la bande son "ne décolle jamais vraiment" et reproche une trop grande dépendance à la connaissance du film pour apprécier l'album, avec notamment l'existence de quelques chansons seulement là pour "faire avancer l'intrigue". Allmusic le décrit également comme étant moins "satisfaisant" que Tenacious D, notant que les chansons ont un rôle trop "narratif". The Guardian a un avis plus positif, décrivant l'album comme une fusion de "riffs de la vieille école et d'humour potache".
En parallèle de la sortie de leur nouveau film et de l'album, Tenacious D a entreprit une tournée aux USA, Canada, Royaume-Uni, Australie et Nouvelle-Zélande en 2006-07. Le groupe y faisait notamment sa première apparition au Madison Square Garden de New York. Contrairement à la tournée précédente, celle-ci comportait le groupe au complet. Konesky (guitare) et Spiker (basse) ont repris leurs rôles de l'album, et Brooks Wackerman a été ajouté en tant que batteur. Une thématique avait été prévue dans laquelle chaque membre interprétait un personnage; Konesky en Antéchrist, Spiker en Charlie Chaplin, et Wackerman en tant que Colonel Sanders. Jason Reed – plus connu des fans sous le nom de Lee – y interprétait également Satan pour Beelzeboss (The Final Showdown) et Lee. Jack Black a indiqué que le groupe avait perdu de l'argent sur la tournée en raison du coût de la tournée avec un groupe au complet.